La sua fondazione si deve ai confratelli della Congrega di S. Sebastiano e così come si presenta a noi oggi altro non è che il frutto di sovrapposizioni e rifacimenti.
Nel 1583 il vescovo Ladislao D’Aquino concesse ai confratelli la chiesa di S. Marco che era divenuta ricettacolo di bestie e, si legge nell’atto di donazione, luogo di peccato. La costruzione iniziò quasi subito per mano di mastro Baldassarre Lombardo ma non fu terminata. Ripresi i lavori da Beltrame Lombardo si terminò la costruzione. Nel 1659 fu aggiunto il campanile e alla fine del 1700 altre modifiche furono apportate alla facciata.
Distrutta durante al seconda guerra mondiale prima di essere ricostruita fu necessario abbatterla definitivamente. La nuova chiesa, progettata secondo il gusto di quel periodo, fu riedificata sulle fondamenta di quella che fu l’antica chiesa di S. Sebastiano.
Fu riaperta al culto il 22 novembre del 1959 con solenne cerimonia dell’allora Vescovo Giovanni Lucato.